Al final del primer episodio, el poderoso mago oscuro Gellert Grindelwald es capturado con la ayuda de Newt Scamander. Sin embargo, Grindelwald logra escapar y cumple con su amenaza de alistar nuevos seguidores, ocultándoles sus verdaderas intenciones: conseguir que los magos de sangre pura dominen a los muggles.

En un esfuerzo por frustrar los planes de Grindelwald, Albus Dumbledore le pide ayuda a Newt, su ex alumno de Hogwarts, y este acepta sin imaginar los peligros que le esperan. Así pues, cuando el amor y la lealtad son puestos a prueba, incluso entre amigos y familiares, el mundo mágico se muestra cada vez más dividido.